11月14日Nature杂志以增刊的形式出版了2014自然指数，提供了指数相关结果速览，并且也对上一年的数据进行分析解读，聚焦于上一年度全球范围内贡献部分最高质量科研论文的国家和机构。有关分析还包括了其他来源的不同层面信息，如人口统计数据、国家研发投入、科技制度和拨款政策变化，以帮助正确解读自然指数数据。

文章的数量能反映这个特定的研究机构或者国家在这一领域的总共的文章数量，因此这一排序对于了解各国，已经各研究机构2010年所获得的成果具有重要的意义。

为了确保正确性，这一检索考虑了每个作者的附属机构，以及每个机构的作者百分比，每个作者在文章中的贡献大小没有列入考虑的范围，并且呈递地址也没有囊括进排列中。所有的文章排列分别考虑了Articles&Letters和Reviews。

中国高校及研究机构的排名依次为中科院系统，北京大学，深圳华大基因BGI，上海交通大学，清华大学，中国医学科学院北京协和医学院，华中农业大学，复旦大学，浙江大学和第二军医大学。

其中北京协和医学院在过去一年中发表的重要Nature及其子刊论文有：
Genetic landscape of esophageal squamous cell carcinoma
食管癌是最具侵袭性的癌症类型之一，是全球第六位的主要癌症死亡原因。近70%的全球食管癌病例发生在中国，绝大多数病例(>90%)的组织病理形式是食管鳞状细胞癌（ESCC）。目前，ESCC的早期临床诊断及治疗方法有限，患者的5年生存率仅为10%。直到现在对于导致ESCC发病的完整基因组事件仍知之甚少。

外显子组测序 （Exome sequencing）是近年发展起来的一种利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕捉并富集后进行高通量测序的基因组分析方法。是一种选择基因组的编码序列的高效策略，相对于基因组测序其成本较低。目前，外显子组测序已经在米勒综合症、歌舞伎综合症、重型颅脑畸形等孟德尔疾病的研究中得到成功应用。还有其它一些癌症和复杂性疾病也应用外显子组测序观察到高度相关的突变。

在这篇文章中，研究人员对113对肿瘤和正常样本以及8种细胞系进行了外显子组测序，每个肿瘤平均生成了82个非沉默突变（non-silent mutation）。他们证实食管鳞状细胞癌的突变谱与其他组织鳞状细胞癌的突变谱非常相似，但却不同于食管腺癌的突变谱。在99%的病例中一些与细胞周期和凋亡调控的基因发生了体细胞突变，其中包括TP53 (93%)、CCND1 (33%)、CDKN2A (20%)、NFE2L2 (10%)和RB1 (9%)基因。包括KMT2D（也称作MLL2; 19%)、KMT2C (MLL3; 6%)、KDM6A (7%)、EP300 (10%)和CREBBP (6%)在内的一些组蛋白修饰基因频繁突变。EP300突变与不良的生存预后相关。FAT1、FAT2、FAT3或FAT4突变(27%)和AJUBA突变(JUB; 7%)导致了Hippo信号通路失调，而NOTCH1、NOTCH2或NOTCH3突变(22%)及FBXW7突变(5%)则破坏了Notch信号通路。